وبسبب تلك الممارسات الخاطئة تتلوث الأغذية كيمائياً (أي مادة كيميائية قد تصل إلى الغذاء أثناء عملية الإنتاج أو التداول أو قد تضاف إلى الغذاء أثناء حفظه), أو فيزائياً (ويكون عبر أجسام غريبة عن الطعام كالحشرات والأوراق، قطع البلاستيك والحديد), أو ميكروبياً (يكون عبر البكتيريا، الفطريات، الفيروسات) ولكن تبقى البكتيريا هي المصدر الأساسي للتسمم الغذائي لذا علينا إبقاء الميكروبات تحت السيطرة.

بكتيريا السالمونيلا (Salmonella) هي إحدى الكائنات الحية الدقيقة وحيدة الخلية مجهرية الحجم، توجد في أمعاء الحيوانات والإنسان. تضم السالمونيلا أكثر من 2300 سلالة لها القدرة على إصابة الإنسان والحيوان، إلا أن الشائع منها هو سالمونيلا تيفيموريم (Salmonella typhimurium) تسبب حمى التيفوئد وسالمونيلا انتريتدس (Enteritidis Salmonella) حيث تشكلان تقريباً نصف الإصابات البشرية بعدوى السالمونيلا. عُرف مرض أو عدوى السالمونيلا منذ 100 عام أو أكثر وأُكتشف من قبل عالم أمريكي يسمى الدكتور "Daniel Salmon".

تعيش بكتيريا السالمونيلا في القناة الهضمية للإنسان والحيوانات والطيور، ومنها تنتشر إلى اللحم والأدوات والأيدي أثناء الذبح وما يتلوه من عمليات تداول, ويصاب بها الإنسان عادة بعد تناوله للحوم والأطعمة الأخرى الملوثة بها. يمكن لهذا النوع من البكتيريا البقاء حياً إذا كان المنتج الملوث به غير مطهي أو لم تصل درجة حرارته الداخلية أثناء الطبخ إلى المستوى الآمن. كما يمكن أن تتعرض الأغذية لبكتيريا السالمونيلا عندما يتم تداولها من قبل الأشخاص الذين ليس لديهم اهتمام بالنظافة بشكل عام و بنظافة أيديهم قبل تداول الأغذية بشكل خاص.

جميع الأغذية النيئة "غير المطبوخة" مثل اللحوم والدواجن والبيض والأغذية المحتوية على البيض والمايونيز ومنتجات الألبان (أجبان، ايسكريم، حليب مجفف) والمأكولات البحرية والخضروات والفواكه قد تحمل بكتيريا السالمونيلا. الاصابة بعدوى السالمونيلا تؤدي إلى الاصابة بالإسهال وارتفاع درجه الحرارة وتشنجات بالبطن خلال 12-72 ساعة من تناول أغذية ملوثة بميكروب السالمونيلا وتستمر الأعراض من 4-7 أيام، وغالبا يتم الشفاء دون علاج أما كبار السن أو من لديهم نقص بالمناعة فقد تؤدي الحالة إلى الوفاة لأنها تنتشر من الأمعاء إلى الدم.

للوقاية من الإصابة بالسالمونيلا يجب منع البكتيريا من النمو والتكاثر إلى أعداد كبيرة إن وجدت، ويجب طبخ الأغذية بما يكفي للقضاء على الميكروب وإتباع المبادئ التوجيهية لإعداد الطعام الآمن على النحو التالي:

·     الحفاظ على نظافة الطعام وكل ما يلامس الطعام.

·     فصل اللحوم غير المطبوخة والدواجن والمأكولات البحرية عن الأطعمة الأخرى.

·     التأكد من أن درجة الحرارة في مركز الغذاء قد وصلت إلى الحد الأدنى الآمن للقضاء على بكتيريا السالمونيلا (أعلى من 60 م°).

·     يجب تخزين الأغذية المبردة والمجمدة بطريقة صحيحة ( 3 - 5 ْم).

إن ضمان جودة وسلامة الغذاء أمر ضروري ومهم للحفاظ على الصحة العامة وكذلك يعتبر مسؤولية مشتركة بين الجهات الرقابية والمنشئات والمؤسسات الغذائية والمنزل. يأتي ذلك من خلال تطبيق الممارسات السليمة لتداول الأغذية من قبل جميع الأطراف بدءاً من مراحل الإعداد ثم الإنتاج والتوزيع وصولاً إلى المستهلك عن طريق الإتباع السليم للأنظمة الصادرة من قبل الهيئات الدولية والمحلية لضمان سلامة الغذاء.